รามจันทรันได้รับเลือกเป็น "Visiting Fellow (สมาชิกเยี่ยมเยือน)" ของ All Souls College ซึ่งเป็นสถาบันหนึ่งของมหาวิทยาลัยออกซฟอร์ดในประเทศอังกฤษ (ค.ศ. 1998-1999) นอกจากนั้นแล้ว เขายังได้รับตำแหน่งเป็น "Hilgard visiting professor (ศาสตราจารย์เยี่ยมเยือนฮิลการ์ด)" ของมหาวิทยาลัยสแตนฟอร์ดในประเทศสหรัฐอเมริกา (ค.ศ. 2005) เขาได้รับปริญญาเอกกิตติมศักดิ์จากวิทยาลัยคอนเน็คติกัต ประเทศสหรัฐอเมริกา (ค.ศ. 2001) และจากสถาบันเทคโนโลยีอินเดียในเมืองมัทราส ประเทศอินเดีย (ค.ศ. 2004)[66]

รามจันทรันได้รับรางวัล "รามอน อี กาฮาล" จากสมาคมประสาทจิตเวชระหว่างประเทศ (ค.ศ 2004) และเหรียญอาเรียนส์-แค็ปเปอร์ส จากราชบัณฑิตยสถานวิทยาศาสตร์แห่งประเทศเนเธอร์แลนด์ เพราะผลงานของเขาในประสาทวิทยาศาสตร์ (ค.ศ. 1999). เขาได้รับรางวัลเฮ็นรี เดล ร่วมกับไมเคิล เบรดี จากมหาวิทยาลัยออกซฟอร์ด ในปี ค.ศ. 2005 และโดยเป็นส่วนของรางวัลนั้น ได้รับเลือกเป็นสมาชิกกิตติมศักดิ์ตลอดชีวิตของราชบัณฑิตยสถานบริเตนใหญ่ (Royal Institute of Great Britain) ของประเทศอังกฤษ เพราะ "งานวิจัยโดดเด่นระหว่างสาขา"[67]

ในปี ค.ศ. 2007 ประธานาธิบดีของประเทศอินเดียได้มอบรางวัลพลเรือนระดับสามจากสูงสุด และบรรดาศักดิ์ของประเทศอินเดีย คือรางวัล Padma Bhushan ให้แก่ ดร.รามจันทรัน[68] ในปี ค.ศ. 2008 เขาติดอันดับ 50 ในโพลสาธารณะยอดนักปราชญ์ 100 (Top 100 Public Intellectuals Poll)[69]